Bảo Vận có 3 chi nhánh chính ở 3 miền trên toàn quốc: Miền Bắc (Hà Nội), Miền Trung (Đà Nẵng) và Miền Nam (TP.HCM); các mạng lưới có hệ thống các phương tiện vận tải vận nhận và phát hàng cho các tỉnh/thành phố lân cận, và thông qua các chi nhánh, đại lý nhỏ.

Các kết nối chính bao gồm:

• Kết nối đường hàng không: các chuyến bay giữa các sân bay trên toàn quốc, thời gian kết nối từ 1-3 ngày (tùy thuộc vào loại hình dịch vụ).

• Kết nối đường biển: gồm kết nối giữa các cảng chính của Miền Bắc (Hải Phòng) và các cảng ở Miền Nam (Sài Gòn); thời gian kết nối từ 5-10 ngày, phù hợp với vận tải số lượng cont lớn.

• Kết nối đường sắt: là loại hình kết nối chi phí tiết kiệm, thời gian vận chuyển từ 3-7 ngày (phụ thuộc vào lịch tàu, trọng tải).

Kết nối đường bộ: gồm kết nối xe giữa các Miền và hệ thống xe tải đủ chủng loại vận chuyển hàng từ các trung tâm đến các tỉnh trên toàn quốc; thời gian vận chuyển linh động và kịp thời theo nhu cầu, theo dự án.